Nel 1885 don Francesco Spinelli firmava il contratto d'acquisto dell'ex collegio dei Padri Somaschi, a cui era annessa la chiesa costruita nel 1605 dal Conte Esilio Maino, che la offrì ai Padri, in cambio della creazione di una scuola di grammatica e filosofia a Rivolta.
La chiesa era dedicata a Santa Maria Egiziaca, la cui vita è istoriata sui finestroni del presbiterio. Nel 1805 i Padri Somaschi furono cacciati dal convento e la chiesa fu adibita a scuderia, per cui don Francesco Spinelli iniziò i lavori di restauro, diretti dal capomastro Bellini. Fu riaperta al culto nel 1885. Nel 1909 venne restaurata e affrescata da Pietro Verzetti. Nel 1910 la facciata venne arricchita con le statue di Sant'Alberto Quadrelli, Sant'Appollonia, San Pasquale Baylon e San Gerolamo Emiliani.
L'altare attuale è opera di Piero Ferraroni di Cremona, il quale nel 1956 lo ampliò con formelle in marmo scolpito. Egli mise in posa anche il nuovo pavimento in mosaico, con alcuni disegni.
In occasione dell'esumazione delle spoglie del fondatore nel 1992 si è sostituito il monumento funebre con il sacello attuale e vennero iniziati anche la sistemazione dell'altare e la restaurazione dell'organo, terminati nel 1993.
I dipinti della chiesa sono delicati e soggetti a erosione. Nei restauri degli anni '50 si ridipinsero le superfici. I recenti restauri hanno ridato luminosità alla chiesa ristabilendo un corretto equilibrio cromatico tra le parti figurate dei dipinti, le partiture architettoniche dipinte e i volumi delle architetture.